Органи Асоцијације су Скупштина, Управни одбор и Надзорни одбор.
Скупштину чине сви чланови, а састаје се редовно једном годишње. Пуноправно ради и одлучује ако присуствује најмање петина чланова. Одлуке и закључци се доносе већином присутних чланова, а одлуке о изменама и допунама Статута, статусним променама и престанку рада могу донети 2/3 присутних чланова. Седницу Скупштине сазива председник Упавног одбора, писаним обавештењем. Седницом председава члан који се бира јавним гласањем на почетку седнице.
Председник Скупштине се бира већином гласова; заступа Асоцијацију у правном промету, а истовремено врши функцију председника Управног одбора и руководи његовим радом.
Управни одбор је извршни орган Асоцијацијеи има седам чланова које бира и опозива Скупштина. Мандат чланова траје три године, а члан УО се може бирати највише у два узастопна мандата. Управни одбор из редова својих чланова бира заменика председника, који заступа Асоцијацију у одсуству председника.
Надзорни одбор контролише рад и пословање Асоцијације, има три члана које бира Скупштина на мандате од три године.
Комисије (за законодавство; за међународну сарадњу; за унапређење струке; за информатику; за промоцију и маркетинг) помажу у раду Управном одбору. Председника и чланове комисија бира Управни одбор.
РУКОВОДСТВО АППС
Председник Асоцијације просторних планера Србије
др Дејан С. ЂОРЂЕВИЋ, дипл. пр. планер
Агенција за просторно планирање и урбанизам Републике Србије, Београд
Заменик председника Асоцијације просторних планера Србије
мср Бранко ПРОТИЋ, дипл. пр. планер
Универзитет у Београду – Географски факултет, Београд
Чланови управног одбора Асоцијације просторних планера Србије
1. Мирослав МАРИЋ, дипл. пр. планер
Институт за путеве, Београд
2. др Урош РАДОСАВЉЕВИЋ, дипл. инж. арх
Универзитет у Београду – Архитектонски факултет, Београд
3. Јелена ЗДРАВКОВИЋ, дипл. пр. планер
ЈП Урбанизам и изградња Града Врања
4. мср Душан РИСТИЋ, дипл. пр. планер
Природно-математички факултет Универзитета у Приштини са привременим седиштем у Косовској Митровици
5. Марио МИЛИЧЕВИЋ, дипл. пр. планер
GDi Solutions, Београд
Надзорни одбор Асоцијације просторних планера Србије
1. др Милица МАКСИЋ, дипл. инж. арх.
ЈП Завод за урбанизам Ниш, председник
2. мр Ненад КРЧУМ, дипл. пр. планер
ЈП Дирекција за грађевинско земљиште и изградњу Београда
3. Драгослав ПАВЛОВИЋ, дипл. пр. планер
Урбанистички завод Београда, Београд
Комисија за законодавство
др Зоран РАДОСАВЉЕВИЋ, дипл. пр. планер, председник
Министарство грађевинарства, саобраћаја и инфраструктуре, Београд
Комисија за међународну сарадњу
проф. др Велимир ШЕЋЕРОВ, дипл. пр. планер, председник
Универзитет у Београду – Географски факултет, Београд
Комисија за унапређење струке
проф др. Богдан ЛУКИЋ, дипл. пр. планер, председник
Универзитет у Београду – Географски факултет, Београд
Комисија за информатику
мср Владимир ПОПОВИЋ, дипл. пр. планер, председник
Универзитет у Београду – Географски факултет, Београд
Комисија за маркетинг и пропаганду
мср Немања ЈЕФТИЋ, дипл. пр. планер, председник
Arup, Београд